აჭარის ა/რ მთავრობის აპარატის სტრუქტურა, უფლებამოსილება და საქმიანობის წესი განსაზღვრულია აჭარის ა/რ კანონით “აჭარის ა/რ მთავრობის აპარატის სტრუქტურა, უფლებამოსილება და საქმიანობის წესის შესახებ”. გარდა ამისა, მთავრობის აპარატი თავის საქმიანობაში ხელმძღვანელობს საქართველოს კონსტიტუციით, “აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის სტატუსის შესახებ” საქართველოს კონსტიტუციური კანონით, აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის კონსტიტუციით, საქართველოსა და აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის კანონებით, საქართველოს პრეზიდენტისა და მთავრობის სამართლებრივი აქტებით, აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის მთავრობის დადგენილებებითა და აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის მთავრობის აპარატის დებულებით.